האוניברסיטה מציעה מגוון מסלולי לימוד מופרדים למגזר החרדי וכן תנאי קבלה ייעודים לבוגרי מוסדות לימוד חרדיים במחלקות השונות בקמפוס הכללי. סטודנטים מהמגזר החרדי בבר-אילן נהנים מתמיכה, ליווי ומעטפת אקדמית וחברתית ייעודית ומקיום קהילות חרדיות המאפשרות להשתלב בלימודים אקדמיים תוך כדי שמירה על אורח חיים חרדי.